ゲノムDNA塩基配列そのものではなくその修飾要素として細胞分裂の際に娘細胞に維持・伝達される情報をエピジェネティクスと呼び、DNAメチル化、ヒストン修飾、ゲノムインプリンティングなどが含まれる。例えばIGF2遺伝子は父方アリルのみ発現し母方アリルはサイレンシングされているインプリンティング遺伝子であり、その調節にDNAメチル化やインスレーター結合蛋白CTCFの結合などが関わっている。このIGF2遺伝子のインプリンティング消失（Loss ofimprinting, LOI)は、母方アリルも発現することで発現量が２倍に上昇するエピジェネティクス異常であり、成人の5-10%では正常組織においてもLOIが起きている。この異常が大腸癌発生のリスク因子であり、またIGF2の受容体阻害剤を投与することでLOI陽性マウス特異的に腫瘍発症リスクを減少できることをそれぞれマウスモデルで証明したように、エピジェネティクス異常は癌発症に原因として密接に関わり、その異常を標的とした癌治療が可能と考えている。他方、DNA異常メチル化による遺伝子サイレンシングは癌抑制遺伝子不活化の重要なメカニズムである。これまでに、DNAメチル化をマーカーに用いたエピゲノム解析により、消化器癌におけるメチル化遺伝子の新規同定、新規癌抑制遺伝子の同定、メチル化情報を用いた癌分類（エピジェノタイプ）、などを行って来た。特定のエピジェノタイプは、特定の遺伝子変異や特定のウィルス感染などと相関しており、異常メチル化の原因の解明、特定のエピジェネティック異常の蓄積と遺伝子変異の蓄積による発癌機構の解明、その異常を利用した診断マーカーの開発を行う。